משנת 2003 איגוד ערים דן החל להזרים שפכים גולמיים לים באמצעות צינור השפד”ן. בפברואר באותה שנה, בעקבות פיצוץ בצינור, הוזרמו לים כמות עצומה של כ-3.5 מיליון קו”ב (!) שפכים ביתיים ותעשייתיים. במאי 2003 הגשנו אישום פלילי כנגד ראשי איגוד ערים דן לביוב, בטענה שאיגוד הערים לא ביצע תחזוקה מונעת בקווי הביוב וההזרמה לים, ולא ננקטו אמצעי זהירות סבירים כדי למנוע את הזיהום.
בעקבות תביעה שהגשנו, בית המשפט המחוזי בתל אביב הרשיע את “איגוד ערים דן לביוב” בשל הזרמת 3,000,000 מ”ק של ביוב גולמי לחופים ציבוריים. בנוסף, השפד”ן התחייבה להקים מפעל לטיפול בבוצה (החומר שנוצר כתוצאה מתהליך טיהור שפכים).
